申请日本留学签证的费用如下：

基本费用

一次有效签证：人民币200元。

多次有效签证：人民币400元。

代办机构费用

如果委托代办机构办理，则另外加收200元。

其他费用

邮寄费用：如果签证申请需要通过邮寄方式提交或返回，邮寄费用一般在50元至200元人民币之间。

体检费用：有些情况下（如赴日从事医学相关专业的学生），需要提供体检报告，体检费用一般在200元至500元人民币不等。

材料准备费用：包括护照、入学许可书、经济担保证明、语言能力证明等，如果需要对某些材料进行公证或翻译，还会产生相应的费用，例如公证费通常为100元至300元人民币，翻译费依据翻译量和翻译公司而有所不同。

建议：

如果签证为一次有效，费用为200元。

如果签证为多次有效，费用为400元。

考虑委托代办机构办理时，总费用为400元（签证费）+ 200元（代办费）= 600元。

建议第一次去日本时带足三个月的生活费，以应对可能出现的各种费用。

请注意，签证费用可能会根据每年的汇率变化进行调整，建议在申请前确认最新费用。