办理留学日本的手续主要包括以下几个步骤：

申请入学许可证

向所选学校提交申请材料，包括入学申请书、最终毕业学校的成绩证明、推荐信、健康诊断书、身元保证书（由保证人出具）和日语能力认定书（报考日语专科则免除）。

学校审核通过后，会发给入学许可书。

申请在留资格认定证明书

由日本保证人持有关学校的入学许可和身元保证书、纳税证明、身份证明等材料，通过当地的入国管理局向法务省申请“在留资格认定证明书”（即留学签证）。

法务省和文部省审核通过后，由日本保证人寄给申请人。

申请入境签证

申请人收到在留资格认定证明书后，必须6个月内直接向日本驻华使馆申请入境签证。

申请签证时需要提交的材料包括：入学许可书、在留资格认定证明书、申请表格、毕业证书影印本、保证人保证书、保证人的身份证或外国人登录证明书、保证人的收入证明、照片、护照或有效旅游证件等。

其他相关手续

办理护照：提前半年开始办理，本人需到户口所在地的出入境中心办理。

办理打工许可：如需打工，需向入国管理局提出申请，办理打工许可手续。

延长居留期限：如超期继续学业，需办理延长居留期的手续。

更改居留资格：需提交在留资格更新许可申请书、申请理由书、担保人身元保证书、护照、外国人登录证等材料。

建议提前规划，准备好所有必要的文件，并按照学校的招生时间和流程进行申请，以确保留学手续的顺利进行。