日本留学保证金的存款方式如下：

存款金额

保证金一般需要以留学者父母的名义在国内银行存入20万人民币的3个月定期存款。

保证金金额最好以一年半的留学费用（生活费+学费）来准备。

存款账户

定期存款账户要以经费支付人的名义开户。

建议存入中国的大银行，如四大银行。

冻结时间

资金最好冻结半年时间。

冻结期根据申请者提交资料的时间先后，一般在3至6个月。

资金来源

必须保证提交材料的真实性，禁止作假。

如果存款在多个银行，最好能够将资金归拢到一个银行再统一开具存款证明，并妥善保留相关银行单据以解释资金来源。

存款证明

开具存款证明时，需凭本人身份证件和未被冻结挂失的存款凭证到银行网点办理。

存款证明到期后，个人存款自动解除止付。如要求提前解除止付，必须交回存款证明、存款证明委托书原件，同时出示原存款凭证、个人身份证件，并填写个人存款提前解除止付委托书。

其他注意事项

保证金不是越多越好，根据日本入国管理局的要求，保证金金额一般为20万左右，过多的资金可能会引起不必要的审查。

如果亲戚朋友凑一下，只需存三个月就可以给出存款证明，但资金在签证申请通过后应保持冻结状态，直到入国管理局审核通过申请人的在留资格申请。

综上所述，日本留学保证金的存款方式主要涉及金额、账户、冻结时间、资金来源、存款证明及其他注意事项。建议提前规划并咨询相关专业人士，以确保留学申请的顺利进行。