去日本留学的保证金冻结时间通常为 3至6个月。具体冻结期限根据申请者提交资料的时间先后而定，并且需要在银行一直保持冻结状态，直到日本入国管理局审核通过申请人的在留资格申请。

此外，有申请人冻结了12万元人民币，冻结期为3个月，总共6个月。另一案例中，申请人存了20万元人民币，冻结期一般为3至6个月。

建议为了确保顺利获得留学签证，建议冻结足够的资金以覆盖整个留学期间的费用，一般建议冻结20万元人民币左右，冻结期一般为3至6个月。

综上所述，去日本留学的保证金冻结时间通常为3至6个月，具体时间根据申请材料的提交时间而定。