日本留学存款证明的流程如下：

准备存款

需要准备20万人民币、3万美金或300万日元的存款。

存款期限为至少3个月定期存款，并需要提前存入。

选择银行

建议选择中国银行或其他大型银行进行存款。

存款方式

存款应存入担保人的存折里，而不是银行卡或其他形式。

如果使用银行卡，则需要提供银行开具的流水单，并每页盖章。

提供材料

存折复印件，每页都要复印，且存期要在3年以内。

个人身份证件原件。

如委托他人代办，则需提供代办人的个人身份证件。

填写《存款证明委托书》一式两份，各栏目必须填写齐全。

手续费

开具银行存款证明书需要支付给银行一定的手续费，收费标准一般在20-50元人民币每份。

有效期限

银行开具存款证明书的日期为客户办理此项业务的日期，申请开立存款证明书所涉及的存款的止付截止日期由申请人决定，并在申请书上注明。

其他注意事项

存款证明需要中英文对照版本，个别银行可能需要提前说明用途。

存款证明上的账户号应与实际存款账户号一致。

如果存款在多个银行，建议将资金归拢到一个银行再统一开具存款证明，并保留好相关银行单据。

通过以上步骤，您可以顺利完成日本留学存款证明的办理。建议提前准备，以确保在需要时能够及时提供所需的存款证明。