日本留学护照补发签证的步骤如下：

通知相关机构

首先，通知日本移民局护照及签证丢失，并通知学校延期开学日期。

向当地所在丢失区域派出所报案，并索取报案证明。

登报声明

在当地市级以上出入境管理处指定的报纸登报丢失声明。

办理补办护照手续

携带本人身份证及户口本去当地出入境管理处办理补办护照手续，办理手续规定周期为3个月。

联系使领馆

取得护照后，与使馆取得联系，将报案证明和报纸登报丢失声明复印件递交使馆负责人，办理补贴签证手续。

申请临时身份证明

在补办护照期间，如需使用护照，可以申请旅行证。同时，大使馆会给学生出示一张临时身份证明纸在短期内使用。

邮寄资料

将所有相关文件（如旧护照原件、警察署出具的证明书、登录原票记载事项证明书等）邮寄至中国驻日领事馆，等待新护照的办理和邮寄。

领取新护照

办理完毕后，按照领事馆的通知，携带领证单到大使馆领取新护照。

建议：

尽快联系中国驻日领事馆和所在学校，确保所有手续按时完成。

在补办护照期间，可以使用临时身份证明纸进行日常活动，但需注意签证的有效期。

邮寄资料时，确保所有文件齐全且符合要求，以便顺利办理新护照和签证。