日本留学档案的存放地点有以下几种选择：

户口档案留校

户口档案留校是很多学生选择的一种档案存放方式，但并非所有学校都提供这项服务。

毕业生可以在离校前咨询学校是否可以为学生保留档案，通常保留期限为一到两年，具体保留期限视学校情况而定。

人才市场

毕业生填写好单据后，档案由学校统一派送到所在区域的人才交流市场，学生可以到此认领并进行托管。

人才市场是正规的人事部门，具有保管档案的权利，留学期间档案空白，但毕业后回国找工作时手续简便。

留学人员服务中心

教育部留学服务中心是教育部直属并具有法人资格的留学服务专业机构，提供全方位的留学服务。

留学存档作为留学服务工作的一部分，与“中心”的其他服务形成了完善的一条龙服务的配套机制。

申请存档者如果已经出境，仍可把档案存放在留学人员档案室，并可委托他人代办存档手续。

建议

如果打算回国就业或继续深造，将档案存放在人才市场是一个比较简便且常见的选择，因为人才市场是正规的人事部门，具有保管档案的权利，并且留学期间档案空白不会影响后续就业或考公务员等事宜。

如果打算在国外长期发展或需要频繁出入境，将档案存放在教育部留学服务中心可能更为合适，因为该中心提供“一站式”服务，方便留学生办理出国留学和回国工作等手续，并且时间灵活。

根据个人情况和需求，可以选择最适合自己的档案存放方式。