如果在日本留学期间遗失了护照，可以按照以下步骤进行补办：

立即向中国驻日领事馆报告丢失情况

携带护照和签证的复印件及以下文件到中国驻日领事馆，申请挂失和补发新护照。

所需文件可能包括：警察署出具的证明书、登录原票记载事项证明书、外国人登录证原件及复印件、近期正面免冠彩色半身护照照片、详细写明丢失经过的书面报告等。

办理挂失和补办手续

自申请之日起，三个月之后可到领事馆或电话询问有关办理情况。

办完补办护照手续后，如被批准补发护照，在接到使馆通知后，请持领证单按指定的时间到大使馆领取护照。

在补办护照期间使用旅行证

如需在补办护照期间使用护照，请申办旅行证。大使馆会出示一张临时身份证明纸，短期内使用。

补办在留卡

一旦遗失外国人登录证，请立即亲自到居住地或丢失地附近的警察署或派出所办理遗失登记或失窃登记，填写相关表格。

在遗失内的14天以内，必须到居住地的市政府（町村政府）戸籍住民課的外国人登录窗办理登录证重新发行手续。

注意事项

丢失者年龄在16岁或以上，就要在指定的时间内再到以上地点领取新证，从提出申请日起通常需要约2周时间。

丢失护照后，如需使用护照，请申办旅行证，作为护照的替代，必须每天随身携带。

通过以上步骤，可以尽快补办护照和在留卡，避免影响在日本的学习和生活。