日本留学毕业回国需要办理的手续和材料主要包括以下几点：

有效护照 ：申请者需持有有效的护照，这是办理所有回国手续的基础。

学历和学位证明

学位证书或 毕业证书的复印件，或者毕业前两个月内开具的预毕业证明（卒业见込み书）原件。

对于博士后留学人员，需要提供博士《学位证书》复印件及在职证明（在职证明书）或聘用合同（雇用证明书）原件及复印件。

访问学者需要提供研究证明（研究证明书）原件及复印件。

非攻读学位的预科生、交换生、旁听生等其他留学人员需要提供在学证明（在学证明书）或修了证明（修了证明书）原件及复印件。

尚未取得学位、退学或结业的留学人员需要提供退学证明（退学证明书）或结业证明（修了证明书）原件及复印件。

其他相关证明

在学证明或 修了证明：

非攻读学位的预科生、交换生、旁听生等其他留学人员需要提供。

研究证明：博士后留学人员需要提供。

退学证明或 结业证明：尚未取得学位、退学或结业的留学人员需要提供。

预毕业证明：毕业前两个月内开具。

清理个人物品

留学生需要清理个人物品，确保总价值不超过2000美元，并且遵守日本的垃圾清理规定。

结清账单

需要结清所有欠款和未付账单，并到银行注销相关账户。

办理出境手续

需要到学校国际交流部门和日本移民局申请办理出境手续，包括申请离校手续、办理税金退还、航空机票和住宿安排等。

市役所转出登记

必须去市役所进行转出登记（転出届け），否则可能会影响后续在日本其他城市工作或学习的手续。

银行账户和手机卡解约

需要注销银行账户，尤其是信用卡，并解约手机卡，避免因未注销手机卡而产生欠费单或不良信用记录。

其他手续

如果在日本租借了图书、DVD等物品，需要归还。

需要提前了解相关文件的办理流程和时间，确保在离开日本前顺利办理完所有手续。

学历学位认证

需要进行学历学位认证，以便回国就业、进外企等。

留学回国人员证明

可以在日本国内办理留学回国人员证明，需要填写一些基本信息。

建议留学生在回国前提前了解并准备好所有必要的文件和手续，以确保流程顺利进行。