如果您的日本留学在留期限已经超过了，您需要 及时到入国管理局申请延长期限。以下是具体的步骤和注意事项：

申请延长

您必须亲自到入国管理局办理延长在留期限的手续。

申请延长的时间通常需要在原在留期限期满前3个月开始提出，并尽量提早申请。

所需材料

在留期间更新许可申请书。

4cmX3cm的白底照片。

护照及再留卡。

在籍大学提供的在学证明及成绩单。

其他可能需要的材料，如资金证明、升学录取通知书等。

更新时间

在留期间更新许可的申请通常从期满的3个月前开始受理。

更新后的在留资格从更新许可批准之日起算。

注意事项

如果在留期限到期后未及时更新，可能会被认为是“非法居留者”。

忘记更新在留期限会导致无法申请奖学金、被退学、强制离境等一系列问题。

综上所述，如果您发现自己的在留期限已经超过了，务必尽快到入国管理局办理延长手续，以避免不必要的麻烦。