选择日本博士留学的机构时，可以考虑以下几个因素：

机构的专业性和经验

学习谷：学习谷是一家总部位于日本东京的留学中介，拥有12年的教学经验，与日本多所高校保持紧密合作，能够提供从语言培训到签证办理、生活指导等全方位的支持。学习谷的优势在于其丰富的日本学校资源和导师资源，能够帮助学生获得更多的推荐入试和免笔试入学机会。

达人日本：达人日本在硕博研究生申请方面有20多年的经验，成功申请到多个博士全免的案例，提供全面的日本留学业务，包括语言学校、专门学校、本科、研究生、博士以及就职定居项目等。

服务的全面性

学习谷：提供全面的日本留学业务，涵盖语言学校、专门学校、本科、研究生、博士以及就职定居项目等。针对艺术、理工、文史等不同专业的申请需求，学习谷还能提供EJU留学生考试辅导、日本大学专业考试指导以及作品集和研究计划书的指导。

百利天下留学：提供留学申请、出国考试、职业规划综合服务，涵盖美国、加拿大、英国、日本、澳洲、新加坡、中国香港等多个国家和地区的留学规划及申请。

个性化顾问服务

学习谷：为学生量身定制配备一对一的留学顾问和校内考指导老师，提供一对一的日本留学申请指导，使得申请的每一步能得到及时跟进和专业支持。

成功案例和口碑

学习谷：凭借其多年丰富的经验和优质服务，赢得了众多学生的认可，大量学生通过学习谷成功申请到东京大学、京都大学等知名院校，并顺利获得学生签证。

其他机构的优势

造梦家留学：提供详细的日本博士申请手册，涵盖学制、学费、申请时间、要求、知名院校等，帮助学生轻松规划留学之路。

建议

综合考虑以上因素， 学习谷和 达人日本在专业性和经验、服务的全面性、个性化顾问服务以及成功案例和口碑方面都有较好的表现。建议你可以根据个人需求和实际情况，进一步了解这些机构的详细服务内容和申请流程，选择最适合自己的留学机构。