日本留学签证拒签的情况主要包括以下几种：

受理中：

签证手续还在领馆办理，申请人临时需要使用护照，向领馆申请借出护照，使用完毕后再送还给以继续审核。

取下：

签证手续在办理中，因申请人个人原因不能去日本，向领馆提出撤消申请，该情况对以后申请签证没有影响。

终止：

签证申请因某些因素未通过，对以后签证申请的影响程度较轻，可以马上再继续申请签证。建议下次申请时把日程表、理由书等细节写详细一些，请专业人员先审核后再递交。

拒否：

签证申请被驳回，也就是俗称的“拒签”，对以后签证申请的影响程度较为严重，同类签证必须在半年之后才能再次申请，且成功几率会大打折扣。

材料不足或矛盾：

缺少必须要提交的办理材料，或经过审查后发现材料有问题、材料造假、不同材料之间有逻辑矛盾。

经费问题：

例如存款太少，无法支持留学；经费支付内容材料不可信；无法证明经费支付人有稳定的收入来源；经费支付者替申请人支付经费的理由不合理等。

日语能力不足：

日本很重视学生的语言能力，如果申请时连基本的日语日常会话也不能应付，很难使签证官相信有能力在日本进行学习。

学习经历和就学理由不匹配：

学习履历和就学理由不一致，或学习意志和能力的证明不充分。

材料真实性受到质疑：

包括学历、证明、身份等任何一份材料都要经得起推敲，材料不能发生前后矛盾的情况，要经受得住电话调查的考验。

经济支付能力受到质疑：

签证官怀疑申请人的经济支付能力，例如经费支付者的收入过低，不足以支付申请人在日本学习生活所需要的费用。

隐瞒赴日经历：

曾经去过日本，但是没有在材料中提及，属于刻意隐瞒曾经的赴日经历，也会被拒签。

有不良的在留情况：

如被遣返、强制驱逐或有其他不良记录，再次申请签证时极大可能会被拒签。

未申报过去的入国经历：

如果未申报过去的入国经历，可能会被认为申请内容不具有可信度。

建议申请人在准备日本留学签证时，务必保证材料的真实性、完整性，并提前准备好充分的日语能力证明和经济支付能力证明，以提高签证申请的成功率。