在日本留学学分认证方面，以下是一些可选择的机构：

中国教育部留学服务中心：

该中心是中国教育部直属的留学服务机构，提供包括日本在内的多个国家的高等教育学历认证服务。留学生可以通过中国教育部留学服务中心或其授权的认证机构进行学历认证。

日本美利多菲浦公司（株）ﾒﾘｯﾄﾌｧｲブ）：

这是一家位于日本的公司，提供中国高等教育学历认证服务。地址位于东京都中央区日本橋人形町1-4-1内山ビﾙ4階，联系电话为03-6909-2235（日语）或090-6657-5656（中日文均可），电子邮箱为ren@chsi.jp。

中国驻日本大使馆的教育处：

留学生可以通过中国驻日本大使馆的教育处进行学历认证。具体流程包括将日本留学期间的成绩单等学历证明材料递交给日本的公证人进行公证，然后提交至日本外务省和中国驻日本使馆进行认证。

日本外务省：

在公证完成后，需要将公证书提交至日本外务省进行认证，外务省会对公证书进行审查，确认其真实性和合法性。

当地公证处：

在中国，成绩单公证业务主要由公证处负责。留学生可以前往当地的公证处进行办理，例如县级以上的司法局或公证处。此外，一些大型的律师事务所也提供成绩单公证服务。

建议选择中国教育部留学服务中心或日本美利多菲浦公司进行认证，因为它们都有官方背景和丰富的经验，能够确保认证的顺利进行和结果的有效性。同时，务必按照各机构的要求准备好所有必要的申请材料，并按时缴纳认证费用。