去日本留学申请护照的步骤如下：

准备材料

近期免冠照片一张。

填写完整的《中国公民因私出国（境）申请表》。

身份证和户口簿的原件及复印件。

未满十六周岁的公民需要由其监护人陪同，并提交监护人出具的同意出境的意见、监护人的居民身份证或者户口簿、护照及复印件。

前往办理地点

申请人本人向其户籍所在地县级以上的地方人民政府公安机关出入境管理机构提出申请。

提交申请

提交填写好的“中国公民出国申请审批表”和2张二寸照片。

提交个人身份证原件和复印件、户口本原件和复印件。

提供学历证明（毕业证书或学位证书）、英语能力证明、雅思或托福成绩单、日本学校录取通知书、经济证明等。

办理流程

填写《公派留学人员申请护照登记表》或提供省级教育主管部门出具的“自费留学资格审核证明”（如适用）。

提交所有必要的证明材料，并回答出入境管理机构的相关询问。

缴纳申请费用。

领取护照

提交所有材料并缴纳费用后，申请人将获得护照领取回执。

按照回执上的指示，申请人可以领取护照。

建议提前了解并准备好所有必要的材料，以确保申请过程顺利。如果有任何疑问，可以向当地的公安机关出入境管理机构咨询具体要求和流程。