日本留学的在留时间计算方式如下：

在留期限的起点

在留期限通常从第一次到日本办理入境手续的日期开始计算。

在留期限的长度

办理一次申请可获得的在留期间，“留学”资格为2年或1年，“就学”资格为1年或6个月。

在留期间到期后，如果希望继续逗留，必须办理在留期间的延长或在留资格的变更手续。

在留时间最短为三个月，最长为四年三个月。

签证类型与在留期限

日本的学生签证（一般指在留资格为“学生”的在留资格）有效期最长五年。

某些特定情况下的在留期限可能会有所不同，例如研究生身份的申请者可能在留期间为1年3个月或1年。

续签与在留期限更新

留学生通常会在在留期限结束之前递交续签申请。

如果续签申请获得批准，留学生的在留记录则会更新，从而可以继续逗留在日本。

建议

提前规划：在申请留学签证时，应仔细了解并确认所需的在留期限，以确保在留期间能够顺利续签。

及时续签：在留期限即将到期前，应提前准备并递交续签申请，以避免因逾期逗留而产生不必要的麻烦。

咨询专业机构：如有需要，可以咨询专业的留学服务机构或律师事务所以获取更详细的在留时间和签证申请指导。