申请菲律宾本科留学需要准备以下材料：

1. 填写申请表一份。

2. 详细的教育和工作经历一份。

3. 身份证复印件正反面一份。

4. 照片4张。

5. 本科学历和成绩单原件各一份，并进行公证。

6. 无犯罪公证件一式四份。

7. 填写正规硕博士申请表。

8. 办理注册硕士手续，并缴纳硕士费用（约人民币50000元）。

申请流程如下：

1. 提交上述所有材料并进行公证和认证。

2. 办理本科注册相关手续并缴纳本科费用。

3. 注册完毕后，获得本科学位。

4. 如果希望继续攻读硕士，可以填写硕博士申请表，办理注册硕士手续，并缴纳相关费用，最终获得硕士学位。

建议提前准备好所有材料，并咨询具体学校的申请要求和流程，以确保申请过程顺利。