留学机构确认收入的方式主要包括以下几种：

开具发票：

留学中介在提供服务后，需要开具发票，发票金额即为确认的收入。

核定交税额：

若无法开具发票，可能会采用核定交税额的方式，即由税务机关根据一定的标准和方法核定应缴纳的税额。

预收账款：

如果企业一次性收取超过一个会计期间的收入，则应该在收到款项时，计入到预收账款科目，然后在受益期间内进行摊销。

考核和审计：

培训机构通过考核和审计的方法确认收入，确保教育质量，并对收入和财务支出进行审计。

服务提供和收入确认原则：

服务提供方在完成培训课程或服务后，根据合同约定向客户出具服务发票，客户在收到发票后支付服务费用，服务提供方在收到费用后确认收入。

会计处理：

根据权责发生制的要求，培训机构应在服务提供时确认收入，并将收入计入相应的会计科目，如“主营业务收入”或“其他业务收入”。

税务处理：

根据培训费发票的增值税税率，如果是小规模纳税人或个人提供培训服务的，适用征收率为3%。

建议

留学机构在确认收入时，应确保合规开具发票，并按时申报和缴纳各项税费，以降低税务风险。同时，应建立严格的考核和审计机制，确保教育质量和财务透明。对于一次性收取的收入，应及时进行预收账款的处理，并在受益期间内进行摊销，以符合会计准则和税法要求。