申请日本留学休学的流程如下：

联系学校部门：

首先，你需要与学校教务处或者负责留学生事务的部门取得联系，了解具体的休学流程和所需材料。

提交书面申请：

向学校提交书面休学申请，在申请书中详细说明休学的原因、休学期间、是否需要完成未完成的课程以及复学相关事宜。同时，你需要明确自己的联系方式，以便学校能够及时与你沟通。

准备申请材料：

根据学校要求准备必要的证明文件，如个人情况说明、护照、居留卡、健康证明等，并确保所有文件齐全无误后提交。

等待学校审核：

提交申请后，需要等待学校审核。通常会有一个审核周期，学校会在审核后通知你结果。

接受学校决定：

如果申请被批准，你需要签署相关文件并缴纳必要的费用。如果申请被拒绝，你可以咨询学校工作人员并提出异议或寻找其他解决方案。

办理签证相关手续：

如果签证到期，你需要重新办理签证。如果是长期签证，你可以先申请复课，然后重新申请留学签证。

退还住宿押金等款项：

按照学校要求退还住宿押金等款项，避免后续问题。

保持联系：

在休学期间，你需要保持与学校的联系，可以通过电子邮件或电话等方式了解休学期间的学业和生活情况。同时，你也可以与导师和辅导员联系，寻求帮助和支持。

提交回校申请：

在休学结束后，你需要向学校提交回校申请，并按照学校的要求进行回校安排。

请注意，每个学校的具体流程可能有所不同，所以最好以你所在学校教务处提供的信息为准。此外，语言学校通常无法办理休学，因为其证明效力不足，且为盈利教育机构。如果遇到特殊情况需要暂时离开日本，可以考虑请假或退学。