日本出国留学档案的处理方式有以下几种：

学校保管

部分学校提供户口档案留校服务，一般免费保留一两年。

需要上交的材料视学校情况而定。

两年后若没有单位接收，档案和户口会打回原籍，学校不再发放就业报到证。

优点：学校诚信度较高，代为保管户口关系和档案，提供就业咨询、信息、指导等服务，安全性高，可以以应届毕业生身份参加公务员考试等。

缺点：不能开具涉及人事关系的证明，档案留校期间不计算工龄，留学期间档案空白。

原籍人才市场

档案放在家乡的人才市场是一个相对较好的选择，人才市场是正规的人事部门，有保管档案的权利。

手续简便，免费。

缺点：留学期间档案空白，不算工龄，失去应届生的身份，可能会影响某些国家补贴和福利。

留学生服务中心（留服）

教育部留学服务中心是教育部直属的国家级留学服务专业机构，提供全方位的留学服务。

档案代管服务适用于国内高校毕业直接出国攻读学位的留学人员（无工作经历）和国内高校在读期间办理完毕退学手续直接出国攻读学位的留学人员。

优点：档案得到专业、安全的保管，留学回国后办理各种手续方便。

缺点：需要按照要求准备材料并进行在线申请。

户籍所在地的人才交流服务中心或街道保存

方式较为普遍，操作简单，归国后就业手续方便。

缺点：留学期间档案空白，不算工龄，失去应届生身份，可能会影响部分福利补贴。

建议

选择学校保管：如果确定留学时间不会太长，并且学校提供此项服务，可以选择将档案暂时存放在学校。但需注意学校可能不会同意长时间保管，且如果后续未及时处理，档案可能会被自动转回户籍地。

选择人才市场：如果希望档案和户口在同一地区方便管理，以及对工龄计算等人事关系需求不高，可以选择将档案存放在户籍地的人才市场。

选择留学服务中心：如果希望档案得到专业、安全的保管，并且在留学回国后办理各种手续方便，可以选择将档案存放在教育部留学服务中心。

无论选择哪种方式，都需要确保档案内容完整，不要遗漏任何重要文件，并在处理档案过程中保持与相关机构的沟通，确保档案的安全转移和保管。